Où est Anne Frank suit le voyage de Kitty, l'amie imaginaire à qui Anne Frank a dédié son journal. Kitty se réveille dans un futur proche dans la maison d'Anne à Amsterdam et entreprend un voyage pour retrouver Anne, qu'elle croit toujours vivante, dans l'Europe d'aujourd'hui. Kitty devient un témoin des derniers mois de la famille Frank pendant l'Holocauste, et de l'Europe après la Seconde Guerre mondiale.